金关工程（二期）经国务院批准立项，是 “十二五”期间国家重大电子政务工程项目。金关工程二期为国家、社会公众提供海关业务服务和信息资源服务，为构建开放型国家经济新体制提供了有力支撑，为落实国家一带一路、跨境新政、全国一体化通关改革等重大决策提供了有力保障。金关工程（二期）已于2018年2月通过竣工验收并正式上线运行。

金关工程（二期）加工贸易管理系统是金关工程（二期）的重要组成部分，该系统的上线运行和推广应用为海关深化加工贸易及保税监管改革、支持加工贸易创新发展提供有力的技术支持和保障。金关工程（二期）加工贸易管理系统包括特殊区域管理系统、加工贸易账册管理系统、加工贸易手册管理系统、保税物流管理系统等多个分系统组成。其中特殊监管区域内企业使用特殊区域管理系统，保税物流中心和两仓企业使用保税物流管理系统，区外加工贸易企业使用加工贸易账册管理系统和加工贸易手册管理系统。

保税核注清单是金关二期保税底账核注的专用单证，是所有金关二期保税底账的进、出、转、存的唯一凭证，其法律地位相当于报关单的随附单证。通俗了说，就是设立了金关二期保税账册的企业，保税底账的核增核减有了“新规矩”，报关单不再直接承担保税底账核注功能，这是海关保税底账管理的“创制之举”。因为核注清单全面支持企业料号级管理的需求，可以实现企业料号级管理，通关项号级申报；简化了保税货物流转手续，凡是设立了金关二期保税账册的企业，企业办理加工贸易货物余料结转、加工贸易货物销毁（处置后未获得收入）、加工贸易不作价设备结转手续的，可不再办理报关单申报手续；海关特殊监管区域、保税监管场所间或与区（场所）外企业间进出货物的，区（场所）内企业可不再办理备案清单申报手续。亲，你觉得是不是省了一大笔报关费呢？

海关总署2018年52号公告已明确了应用金关二期系统的特殊区域、保税物流中心（B型）企业之间的流转方式。其它特殊区域、场所间或与区域（场所）外加贸企业间进行保税货物流转的，参照上述要求，区域（场所）内企业可选择报关或选择非报关。转入、转出企业按“先报进、后报出”的原则分别申报进口核注清单、出口核注清单，区外企业按要求申报报关单（报关单申报地应选择特殊区域、场所对应关区代码）。转入、转出保税核注清单均已审核通过的，企业自行运输进行实际收发货，并按相关要求办理卡口核放手续。金二系统模式下的保税流转，相比原来的转关申报节省了报关和物流成本，进一步提升了通过便利性，实现了“更省更快更强”。

企业申报保税核注清单后，保税核注清单需要修改或者撤销的，按以下要求处理：

（一）货物进出口报关单（备案清单）需撤销的，其对应的保税核注清单应一并撤销，删除报关单的同时系统会自动删除对应的核注清单。

（二）保税核注清单无需办理报关单（备案清单）申报或对应报关单（备案清单）尚未申报的，核注清单只能申请撤销。

（三）货物进出口报关单（备案清单）修改项目涉及保税核注清单修改的，应先修改核注清单内容，并确保清单与报关单（备案清单）的一致性。目前金二系统已开发企业提交核注清单修撤申请功能。

（四）报关单、保税核注清单修改项目涉及保税底账已备案数据的，应先变更保税底账数据。

（五）保税底账已核销的，保税核注清单不得修改、撤销。

海关对保税核注清单数据有布控复核要求的，在办结相关手续前不得修改或者撤销保税核注清单。

金关工程（二期）加工贸易管理系统全面支持料号级管理，企业申请金关二期保税底账时，可直接申报料号级数据办理业务，无须将料号级数据进行归并和压缩。企业办理货物进出申报，可按料号级数据申报核注清单，企业报送保税核注清单后需要办理报关单（备案清单）申报手续的，报关单（备案清单）申报数据由保税核注清单数据归并生成。这实现企业和海关管理颗粒度相一致，为关企底账数据相一致创造更加有利的支持条件。

特殊监管区域和保税物流中心（B型）企业在办理分送集报业务应先向海关申报业务申报表，如办理分送集报出区业务还需办理担保。开展货物实际分送入区或出区时，向海关申报该批次货物对应的出入库单，货物进出卡口前申报核放单。企业应在规定的时间内向海关办理集中报关，申报集报核注清单和报关单，待核算商品进出数量平衡后对业务申报表申请结案。

对于符合“先进区、后报关”模式开展条件的，企业可通过跨境快速通关、区港调拨、舱单分拨等方式将货物从口岸调拨进境入区，入区环节可不申报金二核放单。货物入区并在指定区域理货后，企业应在规定时间内分别通过金关二期系统向海关申报区港联动类型的核注清单（无需过卡）和进境备案清单（报关单）。待相关报关单证放行结关后，金关二期系统会根据报关单证状态联动核注底账。

对于区内企业开展货物按照状态分类监管模式，进行保税货物和非保税货物的互转，由保税货物企业参照进口出区或出口入区的模式申报对应报关的保税核注清单和报关单（视同二线进出区），由非保税企业通过辅助系统对应申报非保货物进出申报单，并由保税企业向主管海关申请办理人工卡口放行手续。

对于区外非金二账册企业办理货物进出特殊区域，如区外企业和区内企业都有申报需求，区内企业可先申报对应报关的保税核注清单，报关单类型需选择“进/出境两单一审备案清单”（注意不能选原来的“进/出境备案清单”），关联手账册备案号填报“NULL00000000”，再对应生成备案清单，同时区外企业申报“两单一审”报关单和备案清单关联。

区内企业首先申报进口保税核注清单（监管方式5000、运输方式为“9”、报关类型选“关联报关”），然后以区内企业为境内发货人申报出口报关单（监管方式为0110、运输方式 为0、）与核注清单关联，货物过卡后触发报关单结关和核注清单核注底账。

对于查验发现异常的，允许对同批次运输工具中查验未见异常货物先行放行。企业可向现场海关申请删除原核放单，并对同批次运输工具中查验未见异常货物在金二系统重新申报核放单进行过闸放行。

对双卡口查验（卡口间查验）模式的特殊区域（保税物流中心）货物，企业可向现场海关申请删除原核放单并对重新申报的核放单作一道卡人工过闸，运输工具再自行过二闸离场。